Newsletter DPT Nro. 40

ISSN 2618-236X

Agosto / 2019

Nuevo test de sangre para detectar cáncer

Basado en patrones de fragmentación del ADN

Las biopsias líquidas permiten detectar la presencia de células tumorales o de ADN tumoral en diferentes fluidos biológicos, normalmente para obtener información sobre el tumor primario del paciente. Se han desarrollado diversas pruebas para monitorizar -con mayor o menor precisión- el progreso o remisión de distintos tipos de cáncer a partir de la detección y análisis del ADN tumoral circulante (cell-free DNA, cfDNA) en sangre.

Pero los estudios para determinar cáncer con biopsias líquidas no resultan sencillos. A las limitaciones técnicas para diferenciar al ADN tumoral dentro del ADN presente en plasma, se añade que la mayor parte de esos estudios se basan en detectar mutaciones o patrones de metilación propios de las células tumorales, y no todos los pacientes presentan cambios detectables.

El artículo reseñado –de investigadores del Johns Hopkins Kimmel Cancer Center con colegas de instituciones de EE.UU., Dinamarca y Holanda- se refiere al desarrollo de una prueba, denominada DELFI (DNA Evaluation of Fragments for early Interception), para detectar la presencia de distintos tipos de cáncer a partir de una evaluación de los patrones de fragmentación del ADN libre en sangre para diferenciar aquellos fragmentos que proceden de células tumorales.

Para ello se secuencian los fragmentos de ADN circulantes mediante técnicas de secuenciación masiva y se analizan con relación a las diferentes regiones del genoma. Una vez examinada la fragmentación del ADN de cada muestra (tumoral o sana), se modela -mediante aprendizaje de máquinas (“machine learning”)- qué patrones corresponden a muestras tumorales y cuáles a sanas.

La técnica fue probada para cáncer de mama, de conducto biliar, colorrectal, gástrico, de pulmón, de ovario y pancreático. La capacidad de detección del DELFI varía según el tipo de cáncer y su estadio de progresión. Dado que se trata de un test relativamente simple y económico, podría superar –en costo-efectividad- a otros tests de screening de cáncer, incluyendo otros basados en cfDNA.

El trabajo publicado presenta una “prueba de concepto” para mostrar que la fragmentación del ADN circulante puede ser evaluada para detectar la presencia de cáncer. Para trasladar tal potencial como biomarcador a la práctica clínica será necesario transitar sucesivos estudios para validar la técnica y verificar rigurosamente su eficacia.

Fuente primaria: “Genome-wide cell-free DNA fragmentation in patients with cáncer”. Stephen Cristiano, Alessandro Leal, Jillian Phallen, Jacob Fiksel, Vilmos Adleff, Daniel C. Bruhm, Sarah Østrup Jensen, Jamie E. Medina, Carolyn Hruban, James R. White, Doreen N. Palsgrove, Noushin Niknafs, Valsamo Anagnostou, Patrick Forde, Jarushka Naidoo, Kristen Marrone, Julie Brahmer, Brian D. Woodward, Hatim Husain, Karlijn L. van Rooijen, Mai-Britt Worm Ørntoft, Anders Husted Madsen, Cornelis J. H. van de Velde, Marcel Verheij, Annemieke Cats, Cornelis J. A. Punt, Geraldine R. Vink, Nicole C. T. van Grieken, Miriam Koopman, Remond J. A. Fijneman, Julia S. Johansen, Hans Jørgen Nielsen, Gerrit A. Meijer, Claus Lindbjerg Andersen, Robert B. Scharpf, Victor E. Velculescu. Nature, 2019; Published: May 29, 2019, DOI: 10.1038/s41586-019-1272-6

Fuente secundaria 1:

“New blood test uses DNA ‘packaging’ patterns to detect multiple cancer types”. Johns Hopkins Medicine, May 29, 2019

Fuente secundaria 2:

“Detección del cáncer en sangre a partir de los patrones de fragmentación del ADN tumoral circulante” Genética Médica News, 31/06/2019. Por Amparo Tolosa, Genotipia